योगी सरकार ने समाजवादी पार्टी सरकार के समय वर्ष 2016 में पारित मदरसा शिक्षकों एवं कर्मचारियों के वेतन भुगतान संबंधी विवादित विधेयक को विधानमंडल के दोनों सदनों से वापस ले लिया. यह विधेयक कानूनी और संवैधानिक आपत्तियों के कारण कभी लागू नहीं हो सका था. राज्यपाल और बाद में केंद्रीय गृह मंत्रालय ने भी इसके कई प्रावधानों पर आपत्ति जताई थी.
